Chercheur en administration de l'éducation, ses recherches le mènent à examiner et à questionner organisation et les systèmes d'éducation sous les angles de la gestion et de la gouvernance.

L'administration des organisations et des systèmes est un phénomène complexe et multivarié. L'approche d'Alexandre Beaupré consiste à utiliser l'activité des cadres, l'économie des organisations et les rapports de pouvoirs comme révélateurs de ce phénomène. Ce faisant, il s'inscrit dans une mouvance qui cherche à lier empiriquement les résultats des recherches sur les politiques éducatives aux résultats des recherches sur la prestation des services éducatifs et de soutien.

Le champ d'application principal de ses recherches et de son enseignement se situe en enseignement supérieur. Ainsi, l'analyse de l'activité des équipes décanales, par exemple, présente l'intérêt particulier de révéler d'abord les pressions exogènes et endogènes exercées sur la structure professionnelle par des politiques publiques ou informelles, puis, surtout, l'environnement organisationnel et ses leviers lors de leur mobilisation par les cadres en réponse à ces pressions.

Dans la même perspective, il s'intéresse également à la gestion des organisations d'éducation préscolaire, primaire et secondaire. L'étude des processus administratif comme cadre normatif de l'activité organisationnelle (par exemple, la signalisation continue dans les commissions scolaires) lui permet de jeter un regard neuf sur l'organisation du travail et des tâches et, ultimement, sur les structures de coûts et de conformité.